Autonomía Técnica.- Se refiere a que es la propia Fiscalía, quien rige sus criterios para investigar y resolver los hechos que son motivo de sus indagatorias, aplicando protocolos de actuación y lineamientos propios, esto con total independencia e imparcialidad.

Autonomía Operativa.- Es la facultad que tiene la Fiscalía de decidir sobre el funcionamiento y organización de la misma, con el fin de cubrir las necesidades de su actuación, integrada por diversas áreas, jurídicas, administrativas, técnicas, de recursos humanos, financieros y materiales.